虽然旧金山留下了吉恩，但球队的外接手阵容依旧是千疮百孔。
新秀帕顿-困顿暂时不说，从酋长队交易得到的乔恩-鲍德温却是一个笑话——
他是酋长队2011年的首轮选秀，和陆恪是同一届新秀，当年他被普遍看好，认为是排名前三的新秀，却因为脾气太过暴躁而跌落到了首轮二十六顺位才被选中；后来的发展也证明了球探报告的正确性，他在季前赛第二周的中场休息时，与自己的队友托马斯-琼斯（Thomas-Jones）在更衣室发生了肢体冲撞，导致手腕受伤，直接缺席了四个月。
伤愈归来之后，他的表现也远远低于预期，过去两个赛季碌碌无为。
旧金山以AJ-詹金斯交换了堪萨斯的乔恩-鲍德温，两名首轮新秀调换了一个位置，却不知道命运前途到底如何。
接下来的训练营之中，外接手依旧是球队的老大难。
再是跑卫和近端锋团队。
近端锋队伍没有太多变化，弗农-戴维斯和洛根-纽曼都没有合同问题，然后去年的新秀德马库斯-多布斯从陪练组提拔了上来，去年就在主力阵中的新秀加雷特-塞莱克（Garrett-Celek）也正在慢慢成长起来，足够担任替补。
球队还是在选秀大会之上，以第二轮五十五顺位选择了万斯-麦克唐纳（Vance-McDonald），作为补充。
跑卫队伍则依旧是弗兰克-高尔和马库斯-林奇领衔，安东尼-迪克森被交易到了布法罗比尔，布鲁斯-米勒因为伤病赛季报销，肯达尔-亨特和拉迈克尔-詹姆斯将成为替补球员。
整体来说，进攻组还是以青年军为主，没有太多变动，进攻锋线的替补阵容和外接手阵容依旧是球队需要给予关注的焦点，最大的遗憾就是外接手凯尔-威廉姆斯的转会——常规赛的那一次意外受伤，他就再也没有能够作为旧金山49人的球员登场了。
其次是防守组。
整个变动就显得十分激烈了。
防守锋线之上，尖峰伊萨克-索铂加转会前往费城老鹰——当初索铂加和施耐德是非常要好的朋友，去年施耐德转会、索铂加上位；今年施耐德回归、索铂加转会，两个人似乎始终都没有能够再续前缘。
有趣的是，接替索铂加位置的格伦-多尔西（Glenn-Dorsey）是从堪萨斯酋长转会而来的。今年休赛期两支球队之间的来往着实频繁。
两名防守端锋贾斯汀-史密斯和雷-麦当劳都留下了，但替补球员却经历大洗牌。
线卫之上，四名首发线卫帕特里克-威利斯、纳渥罗-鲍曼、艾哈迈德-布鲁克斯、阿尔东-史密斯全部都没有合同问题，但替补球员也全部清洗，六名球员全部更换——这也意味着，旧金山49人在三档防守之中的阵型和战术都必须重新布置了。
二线防守之中，职业碗安全卫达尚-戈德森高价转会坦帕湾海盗，这是球队传球防守中的最大损失，安全卫和角卫的其他位置之上出现了五张新鲜面孔竞争首发。
防守组的替补阵容基本全部完成换血，前前后后超过十名球员离开了球队；尽管首发阵容基本维持住了现状，但对于三档防守和红区防守这样关键时刻的对抗，却将面临更多冲击和挑战。
归根结底，哈勃才刚刚接手球队两年，主力阵容的合同相对稳定，超级碗夺冠之后需要面临的困局就缓和了许多；尽管如此，替补阵容的翻天覆地，却势必将成为新赛季的未知因素，可能变得更好、也可能变得更糟。
2012赛季之中，防守组关键时刻出现失误的状况就着实不少，尤其是季后赛，现在这支队伍保持住了基本框架，但进入2013赛季之后，所有球员的年龄又将增长一岁，尤其是线卫和防守锋线更是如此——除了阿尔东之外，清一色老将，这也意味着替补的板凳深度更加重要。
而现在，替补板凳球员却更换了大半，事情就越发不确定起来了。
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