奥托也从中吸取了教训，在这之后奥托利用了一系列手段来“报复”各个公国，法兰克尼亚甚至永远失去了公爵，整个公国直接被王室接手；
接管洛林的人是奥托的好友；对于功臣施瓦本，奥托让自己的儿子，也就是下一任皇帝，迎娶施瓦本公爵的女儿，从而建立亲戚关系；而巴伐利亚则在后来被授予册封给了不久前还在叛乱的另一位投降的公爵。
也就是说，从加洛林王朝查理帝国分裂成中东西三部分之后，巴伐利亚的真正统治权从来就没有被东法兰克国王所拥有。
捕鸟人亨利没有收回主权，他的儿子奥拓也只是把主权交给一个非亲非故的投降公爵。
接下来的百来年里，凡上任的国王都不愿意干预几个公国间的关系，有时间安内，还不如攘外容易点。
德意志先是向东打下波西米亚，也就是现在的捷克，而后又直接干预意大利内部纷争，虽然意大利对于德意志半推半就，表面上加入德意志王国，然后等军队撤走后立马叛乱。
于是，以今天德国领土为主，形成了一个叫“神圣罗马帝国”的新国家。
多说一句，这个神圣罗马帝国既不神圣，因为跟天主教半毛钱关系都没有；也没在罗马，只是因为该国皇帝加冕需要跑到罗马去一趟，说白了就是德意志帝国的马甲而已。
放任不顾的巴伐利亚渐渐被一个名为韦尔夫的家族控制，一开始韦尔夫三世作为巴伐利亚公爵只是把妹妹嫁到了皇室，之后便确保了韦尔夫家族永远统治巴伐利亚，韦尔夫四世的儿子黑亨利凭着皇家关系把萨克森的部分土地强行规划到巴伐利亚。
黑亨利的儿子还迎娶了时任神圣罗马帝国皇帝洛泰尔二世的女儿，甚至仗着自己是前任皇帝的女婿竞选神圣罗马帝国皇位。
包括萨克森地区等大部分领地都被来自巴伐利亚的韦尔夫家族控制，神圣罗马帝国皇室渐渐被这个家族蚕食。
这时，神罗帝国的一位皇帝即位，他就是赫赫有名的“红胡子”腓特烈·巴巴罗萨。
“红胡子”的称号来自于他六次出征意大利，意大利人的血把他的胡子染红了，足以彰显他的残忍。
腓特烈的母亲就出身于韦尔夫家族，但他为了当上神圣罗马帝国皇帝并巩固地位，决定大力削弱控制着巴伐利亚的韦尔夫家族势力。
腓特烈虽然成功让韦尔夫家族在巴伐利亚的公爵狮子亨利黯然下台，但对韦尔夫家族的权力，则只有抑制，而无法消除。
该家族势力深深植根在巴伐利亚州的各行各业，而且竭力将家族人马安插进入帝国高层。
腓特烈这种类似于我国历史上“削蕃”的操作，也只能让韦尔夫家族不再继续扩张其权力，对该家族老巢巴伐利亚也姑且让其继续统治，只不过不要太闹独立，给皇帝一点面子就好。
到了中世纪末期，教廷对各地在经济上的榨取到了登峰造极的地步。
16世纪初德国交出去给教廷的财富比15世纪末皇帝所征的税款高二十多倍。
教廷的压榨剥削遭到人们的反抗，来自德国的马丁路德掀起了一场轰轰烈烈的宗教革命，然而他的改革还并不彻底，深受教廷迫害的人们还觉得不够过瘾。
于是广大人民群众投奔另一位在反教廷上主张更激进领袖闵采尔，也正是在闵采尔的带领下德国爆发了大规模的农民起义。
起义军主要来自三个地方，分别是法兰克尼亚、萨克森和施瓦本。
作为古老的公国，巴伐利亚缺席了。
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